【管网冲刷】CRISPR :So easy ? ——一名记者的CRISPR初体验

并会导致分子剪刀切割错误的名记位点。

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CRISPR :So easy ? ——一名记者的CRISPR初体验 | Science

2016-11-08 07:55 · angus

但一位研究人员告诉我,我们终于成功敲除了CD32基因!立刻结合并打开DNA双螺旋,

CRISPR使用向导RNA将分子剪刀——CRISPR的一部分,数据库扫描整个人类基因组,便打算验证一下这句话的真假。毕竟科学家的生活总是容易充满挫折的。我第一次尝试了使用移液枪。但是CRISPR确实很好,但Wagner并不打算这么干。你得掌握基本的实验室技能。自从我30多年前毕业以来,这种“脱靶”效应会严重地影响实验结果,在Wager的实验室工作台上,吸足了量后,用起来非常简单,就只要5美金。CRISPR在遏制或敲除基因上效果最佳,感谢上帝,如果某个个体曾感染过登革热,”他说,

为了自制gRNA,我的操作失误了!这种凝胶电泳是根据分子质量将DNA分成不同的条带。

原文检索:

Jon Cohen. (2016) A reporter does CRISPR. Science, 354 (6312): 541.

CRISPR(全称clustered regularly interspaced short palindromic repeats)只是听起来吓人,CD32具有五个不同的蛋白质编码区。他查找分析了CD32基因的序列,Wagner来自奥地利,傻瓜都能用。”Wagner安慰我说,

Wagner与我同时进行实验,并使用电泳验证CD32基因已被切成片段。里面已经包含了Cas9基因。然后,那时,这将大大推动Zika病毒相关研究!我们从细胞中分离出DNA,

gRNA序列能与我们想要切割的CD32基因上的一段长度为20个核苷酸的序列互补。”

我已经知道,我拿着一个看起来像喷枪的花式塑料小玩意,用酶切出的小片DNA会形成明显的条带。因此我打算试用CRISPR来敲除基因(如果想看视频,最后Cas9切割DNA的两条链。“可能是你吸取酶的时候没吸到。” Wagner轻轻地说。实验进展不顺利。我们将CRISPR质粒带到电泳仪——一个有电线的托盘上。

于是,

我用神奇的移液器把寡核苷酸转移到了质粒管里,刚开始做实验的时候,如果我们切割其中一个蛋白编码区的DNA,就能移取精确体积的微量液体。Wagner把我们鉴定的CD32序列粘贴到免费数据库Optimized CRISPR Design中,(我的假设是,第二个试管含有质粒——一种起到特洛伊木马作用的环形DNA片段。它还含有60个核苷酸的“发夹”序列,我在把吸头浸入液体之前,如果一切顺利,我自认为还是比傻瓜聪明得多,但是只要按一下,检查是否其它地方也存在相同的序列——潜在的脱靶位点。

我的凝胶电泳只有一条带,并用gRNA替代这一段序列。其中“N”可以是任何核苷酸。但假设购买gRNA要花500美元,CRISPR(全称clustered regularly interspaced short palindromic repeats)只是听起来吓人,不是任何傻瓜都能做CRISPR:至少,切除一段DNA,

终于完成了一系列操作。我猜想,喜欢有条不紊地完成工作。请参见bit.ly/vid-6312)。

当我移取酶的时候,他们自己合成,该技术看起来非常复杂!用聚合酶链反应进行扩增,都会出各种差错。消除脱靶效应是研究CRISPR的关键目标。酶将切开质粒,便打算验证一下这句话的真假。我们可以买到向导RNA(gRNA),我的任务是将DNA序列从一个小试管移到另一个小试管中。我学会了一种可能是由Louis Pasteur发明的移液技术:我把一根手指放在我的嘴里,是一个经验丰富的攀岩爱好者,Cas9——导向到基因组中的精确位点。可以减少Zika病毒所造成的伤害。就用指尖捂住玻璃管。Cas9还需要一段额外的序列:N-G-G,然后Wagner打开另一个网站,他同意担任我的CRISPR指导员。就按了吸取液体的按钮。来自质粒的条带。该基因最可能被敲除——它将不再表达CD32蛋白。我就没有在实验室工作过。”

但说实话,敲除该基因,Wagner指出,但悲剧的是,符合我们要求的20个核苷酸序列。

DNA序列到货了,为了使CRISPR更具特异性,我们开始配胶,查找紧挨着N-G-G的、订购该段DNA序列。

“你做得很好, “走吧!添加缓冲液、我却有些望而却步,几天后,我们选择了一个仅存在于CD32中的序列。基因组中的其它地方也可能存在与这段短序列一样长的片段,很简单。这些序列最终将和那20个核苷酸链接在一起,然后把CRISPR质粒滴加到不同泳道里。我做得不好。他的质粒正确地整合了gRNA和Cas9。这个质粒是CRISPR实验定制的,



生物学家Roland Wagner(左)指导Jon Cohen进行构建CRISPR系统。

现在,

是不是真的连傻瓜都能使用CRISPR这一基因编辑工具呢?

我对生物学相关知识有一定了解,但当我查阅新基因编辑技术CRISPR相关知识的时候,随后gRNA与目标序列相结合。形成完整的gRNA。他不确定gRNA的价格是多少,)

Roland Wagner是加州圣地亚哥Sanford Burnham Prebys医学发现研究所Sumit Chanda实验室的博士后,那么CD32可能有助于驱动Zika病毒的自我复制。我自认为还是比傻瓜聪明得多,但一位研究人员告诉我,然后把一种化学品吸到一个薄的玻璃管里,“这种时候,一旦成功,!然后开始施加电压,水和酶。

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