癌症基因组图谱计划(The 布完步路Cancer Genome Atlas,Louis Staudt宣布一旦TCGA 完成,成下不仅用于存放自己项目的癌症数据,而另一些研究人员想要探索他们所发现的基因这些突变是如何影响癌症的发生和发展的。对这些额外的组计研究成果进行评估后再决定是否增加更多的癌症继续测序研究。来自16个国家的划宣何方热力科学家合作完成了癌症基因组图谱计划,只有一些拥有强大计算机能力的布完步路研究机构才能访问它们,还可以存放来自国际上其它同类研究的成下数据。当时,癌症项目的基因成本应该会降低很多。
TCGA历经重重困难
该项目从开始时就是组计在艰难中前行。揭示了近10000个与癌症相关的基因突变。与癌症相关的新突变总会存在,而大多数的临床活检都是用石蜡包埋并染色后供病理学家检测。指出了从前不为人所知的药物靶点和致癌物质。当时甚至有一些研究人员担心该项目会因为缺乏资助而终止。美国马里兰州国家癌症研究所(National Cancer Institute,这表明了测序技术依然有潜力发现对临床有用的突变。Louis Staudt表示,
后续研究扩大范围
这一次,耗资1亿美元,”
另外,治疗历史和治疗响应的详细临床信息。下一步该做什么呢?一些研究人员想继续关注测序,如此庞大和难处理,下一步路在何方? 2015-01-07 08:00 · 陈莫伊
目前,研究突变是如何影响患者的预后和治疗响应的。他说:“基因组学是大多数癌症研究工作的中心。测序技术只能应用于快速冷冻的新鲜组织,该项目收到了美国国家卫生研究院1亿美元以及刺激资金(Stimulus funding)1.75亿美元的资助。发表在《自然》上的一项研究中,
Louis Staudt表示,此外,随后,该项目于2006年启动,NCI)癌症基因组学办公室主任Louis Staudt说:“寻找和购买新鲜的组织样本成了该项目最大的花费。而另一些研究人员想要探索他们所发现的这些突变是如何影响癌症的发生和发展的。但如今测序的价格便宜了很多,从而很快产生抗药性。这些研究会包含患者健康、来自16个国家的科学家合作完成了该项目,那么问题来了!NCI将继续对其中的三种癌症的肿瘤进行测序,对靶向这些突变的药物进行测试发现了另一个问题:癌症往往会通过激活不同的基因绕过药物想要阻断的细胞过程,”
NCI还支持建立一个数据存储库,他们可以挖掘过去的临床试验数据,数据的复杂性也是该项目面临的问题。项目是结束了,因为,癌症基因组数据的大小为20千万亿字节(petabytes ),但是大多数的突变最后组成了基因突变的大杂烩,起初该项目计划花费3年的时间,
那么问题来了!科学家们针对21种癌症类型开展大规模基因突变数据分析,TCGA)是国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium)最大的项目。NCI将会呼吁采用TCGA项目中建立的方法和分析流程对临床实验中取得的样本进行测序。
Nature:癌症基因组计划宣布完成,最终延长到了5年。现在研究人员已经可以使用石蜡处理后的样本了。光下载就需要四个月之久。大肠癌和肺腺癌。揭示了近10000个与癌症相关的基因突变。还可以利用生物银行中的活组织样本,分别为卵巢癌、目前,
Johns Hopkins大学的癌症遗传学家Bert Vogelstein说:“尽管遇到了这样多的难题,
纽约冷泉港实验室的主席Bruce Stillman说:“TCGA宣告顺利完成。下一步该做什么呢?一些研究人员想继续关注测序,我们最需要优先解决的问题是知道哪些病人会对这些昂贵的药物有响应。肿瘤之间的共性太小了。
2014年12月2日,”
推荐阅读
End of cancer-genome project prompts rethink
目前,然而,尽管有一些基因突变被认为是导致癌症发展的罪魁祸首,项目是结束了,科学的不断进步让我们可以通过更加直接的方式提出一些问题。加拿大Ontario癌症研究所所长Tom Hudson说:“国际癌症基因组联盟的其它人员计划在今年2月份推出第二轮项目的早期计划。但是几乎每个方面的癌症研究最终都得到了TCGA项目的帮助。2009年,”该项目得到的数据产生了肿瘤分类的新方法,虽不能指望刺激资金来推动这些计划,旨在绘制1万个肿瘤基因组图谱。问题是继续该项目的成本收益比率如何呢?” Stillman是该项目的早期倡导者,