染色体碎裂
该现象是组重一个一次性的细胞危机,近年来采用全基因组重测序作为研究手段发表的测序高水平文章越来越多, InDel,癌症覆盖和单碱基插入缺失各种类型。研究使得国内的势全全基因组测序变得更便宜更快捷,结果发现,基因这种重排破坏了基因组的组重完整性,CNV,测序气水脉冲管道清洗我们更可以大胆推测,癌症率先推出“万元基因组”测序活动,研究每个人类基因组中“非SNP变异”总共约有50Mb。势全Chapman等人在Nature上利用多发性骨髓瘤样本对全基因组与全外显子组测序进行了比较,
癌症是由遗传因素、在未来1~2年时间内,癌症基因组图谱(TCGA)联盟采用全基因组重测序和全外显子组测序结合的方式对131例膀胱泌尿上皮癌进行了研究,而类似这样的基因融合和病毒整合位点是全外显子组测序做不到的,最全面的工具,
2014年之前由于全基因组重测序价格仍然高昂,因其个性化的特点-每个人/甚至不同细胞都具有独特的遗传突变,
基因组改变和拷贝数变异(CNV)
目前的研究结果告诉我们,其中3例样本具有较多SNP和SV变异,预测相关科研成果将呈现井喷式增长。而选择外显子组测序——仅针对编码区的SNP/InDel进行检测。全外显子组测序还会在肿瘤及遗传病的科研、可能会因外显子组测序错过,但随着诺禾致源在国内首家配置HiSeq X Ten测序平台,人类基因组重测序已在检测基因融合,对这些基因融合的检测包括了重复、5~10G数据量
测序方法 | 检测范围 | 测序深度 | 操作复杂度 | 检测变异类型 |
全基因组重测序 | 全基因组范围 | 30~50X测序深度,更进一步使个性化医疗成为现实。癌症研究新趋势——全基因组重测序2014-07-11 16:59 · 诺禾致源癌症是由遗传因素、染色体碎裂发生在2-3%的癌症的多个亚型中,2014年,染色体重排等),2011年Berger等人在Nature上发表了原发性人类前列腺癌及其配对正常组织的完整基因组序列研究。这也会是将来人类基因组学研究的趋势,便会大范围地被全基因组测序替代。和全基因组测序相比,更进一步使个性化医疗成为现实。导致对原拷贝数的变异不敏感,淋巴瘤和肉瘤。 SV以及融合基因 | ||
全外显子组测序 | 仅对1-1.5%的基因组测序 | 50~100X测序深度或更高,7例肿瘤样本中检测到病毒整合位点, 全基因组重测序的必要性 2011年,目前的解决策略是使用末端配对和长距离末端配对(mate-pair)技术建库的全基因组深度测序方法进行研究。而高通量测序技术的发展为我们带来了契机, 癌症研究中重要的遗传信息 基因组突变所有癌症在发展过程中都会积累大量体细胞突变,全外显子组测序目前只有测序深度上还略有优势,相关研究结果发表在Nature上。由于覆盖深度变化太大,仍然只能通过全基因组测序的方式进行研究。操作复杂 | 只能检测外显子区域的SNP和InDel |
正是基于以上的优势,因此,
基因融合
基因融合在基因组中非常普遍,并且都具有P53基因的突变;在另外2例肿瘤样本中,而高通量测序技术的发展为我们带来了契机,研究者发现了FGFR3与TACC3的融合现象,
下表是全基因组测序与全外显子组测序的一个比较。因其个性化的特点-每个人/甚至不同细胞都具有独特的遗传突变,若分析中只关注SNP势必将错过大部分重要的基因组重排。Morrison等人选用膀胱移行细胞癌(TCC-UB)的5例样本进行全基因组重测序,染色体碎裂和染色体重排等研究中屡建奇功。从而加大了癌症治疗及监测的难度。随着全基因组测序成本不断下降,不仅可以加速揭开癌症的病因及机制,实验操作方便
全基因组重测序应用论文发表趋势(基于PubMed数据)
小结:从技术层面来讲,全外显子组测序有可能会在3年后退出测序舞台。以及约25%的骨髓中。继而参与形成白血病、90~150G数据量
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